土壤中的微生物种类繁多，包括细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很大，1克土壤中就有数亿到数百亿。大多数土壤微生物有利于作物的生长发育，对土壤的形成和发育、物质循环和肥力演化具有重大影响。对于农作物来说，它是影响其生长发育的重要环境条件之一。它的具体功能是：

　　1.形成土壤结构作为土壤的活性成分，土壤微生物的区系组成、生物量和生命活动与土壤的形成和发育密切相关。活性土壤由固体土壤、液态水和气态空气组成。由简单的土壤颗粒和化肥组成的并不是真正的土壤。土壤微生物通过代谢活动交换氧气和二氧化碳，以及分泌有机酸等，帮助土壤颗粒形成大的团聚结构，最终形成真正的土壤。

　　2、分解有机物。作物残根残叶和施入土壤的有机肥，只有在土壤微生物的作用下，才能分解分解，释放养分供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤结构，提高可耕性。