好氧堆肥系统中存在大量细菌。细菌可以根据其较大的比表面积将可溶性底物快速吸收到细胞中。因此，在堆肥过程中，细菌的数量通常远远超过真菌等较大的微生物。当然，在不同环境中分离出的细菌在分类学上是多种多样的，主要包括假单胞菌属、克雷伯菌属和芽孢杆菌属的细菌。在堆肥过程中，细菌总数的变化趋势为高-低-高。

　　在堆肥初期，有机垃圾中携带的大量细菌分解有机物并释放能量，使堆肥体温度升高，此时常温细菌受到抑制，嗜温细菌活跃;它可以是活跃的;高温期过后，随着有机成分的减少，堆体温度下降，常温和常温细菌重新活跃起来，细菌总数增加。在整个好氧分解过程中，嗜温菌是堆肥系统中最重要的微生物。

　　在好氧堆肥系统中，真菌在废物有机成分的分解和稳定中起着重要作用。真菌不仅能分泌胞外酶，水解有机物，而且由于菌丝的机械穿插，对物质造成物理性破坏，促进生化反应。温度是影响真菌生长的重要因素之一，在堆肥过程中，随着温度升高，真菌菌落数量开始减少，在64℃左右，嗜热真菌几乎全部消失。当温度降至60℃以下时，堆肥中嗜温真菌和嗜热真菌均重新出现。

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